Le Comité des Ministres 

• Définit la politique générale de l'Agence.
• Se réunit au moins une fois l'an en session ordinaire; la présidence est tournante, à un rythme annuel. Elle est assurée depuis juillet 2011, par le Tchad en la personne de M. Adoum Younousmi, Ministre des Infrastructures et des Transports, succédant aux Comores.

Le Conseil d'Administration

• Prend les mesures nécessaires au fonctionnement de l'ASECNA, au moyen de délibérations relatives notamment aux budgets annuels de fonctionnement et d'équipement.
• Se réunit au moins deux fois l'an.

La présidence est assurée depuis le 1er janvier 2011 par M. Jean François Thibault, de nationalité française.

Le Directeur Général

  Assisté de deux (2) Directeurs,

• Assure la gestion de l'Agence en exécution des décisions prises par les deux instances statutaires précitées.
• Recrute tout le personnel de l'Agence à l'exception de l'Agent Comptable et du Contrôleur Financier
• Est responsable de la gestion administrative de l'Agence.
• Nomme dans chaque Etat membre un "Représentant", responsable des activités de l'Agence dans son Etat d'affectation.

L'Agent Comptable

Nommé par le Conseil d'administration après agrément du Comité des Ministres.

• Tient la comptabilité générale et la comptabilité analytique d'exploitation.
• Prépare le compte financier, présenté au Conseil d'administration après avoir été soumis au contrôle de la Commission de Vérification des Comptes.

Le Contrôleur Financier

Nommé par le Conseil d'administration après agrément du Comité des Ministres.
A une mission générale :

• de contrôle de la gestion de l'établissement
• de surveillance de toutes les opérations susceptibles d'avoir directement ou indirectement une répercussion économique et financière.

La Commission de Vérification des Comptes

Composée de trois membres désignés par le Conseil d'administration.

• Etablit, pour le Conseil d'Administration et pour chaque Ministre de tutelle, un rapport sur la régularité de la gestion comptable de l'Agence
• Formule des propositions motivées sur le quitus à donner à l'Agent Comptable.

La Commission de Vérification de la Sécurité

Composée de quatre experts désignés par le Conseil d'administration.

• Assiste le Conseil d'Administration dans ses attributions relatives à la sécurité et à ce titre, suit la mise en place et le bon fonctionnement d’un système de gestion de la sécurité (SGS) conforme aux normes et pratiques recommandées par l’OACI.